大豆异黄酮的主要结构形式是3-苯并吡喃酮为母核的化合物群。天然的大豆异黄酮主要分为游离型的苷元和结合型的糖苷两种。其中，结合型糖苷由酶或稀酸水解脱去糖基，可形成大豆异黄酮苷元。游离型大豆异黄酮苷元包括染料木苷元、大豆苷元和黄豆苷元。结合型大豆异黄酮糖苷分别为上述3种苷元的葡萄糖苷型、乙酰基葡萄糖苷型、丙二酰基葡萄糖苷型。